Thong Nai Pan se trouve sur la côte nord-est de Koh Phangan, où les deux baies de Thong Nai Pan Yai et Thong Nai Pan Noi longent le littoral de l’île. Pen's Bungalow Koh Phangan est à 50 m de la plage de Thong Nai Pan Yai. Wat Thong Nai Pan, une pagode locale, se trouve à 400 m, et Ao Ta Pan Yai à 450 m de l’établissement. Baan Thong Nai Pan, le hameau voisin, est à 650 m ; les clients apprécient également le cadre paisible, proche des boutiques du village et des services locaux.
Thong Sala est le bourg portuaire de Koh Phangan et son principal point d’arrivée en ferry ; Pen's Bungalow Koh Phangan se trouve à 10,4 km du centre du bourg. Des songthaews partagés au départ de Thong Sala desservent Thong Nai Pan, et la route de l’île menant aux baies du nord-est est escarpée. Koh Phangan n’a pas d’aéroport : l’aéroport international de Samui se trouve à 23,2 km, de l’autre côté de l’eau, et le trajet jusqu’à Thong Sala comprend une traversée en ferry. Un parking public gratuit est disponible sur place, sans réservation.
Pour découvrir une autre plage, Ao Thong Nai Pan Noi se trouve à 1,1 km. La cascade de Than Prawet est à 950 m de l’hôtel, tandis que la cascade de Tharn Sadet est à 2,7 km et la plage de Thaan Sadet à 2,8 km. Les baies et la forêt environnante se prêtent aux promenades sur la plage, à la baignade et aux visites de cascades dans le paysage du parc national. De février à avril, Koh Phangan connaît sa période la plus sèche ; de juin à septembre, la saison verte apporte de brèves tempêtes, tandis qu’octobre à décembre est la période la plus pluvieuse, avec une mer plus agitée sur la côte est en novembre et décembre.